短程分子蒸餾儀中當液體混合物沿著加熱板流動并被加熱時，輕分子和重分子將從液體表面逸出并進入氣相，因為輕分子和輕分子的自由路徑不同。因此，不同物質的分子在從液體表面逸出后移動不同的距離。如果適當設置冷凝板，輕分子到達冷凝板時將冷凝并排出，而重分子不會到達冷凝板并沿混合液體排出。
物料從短程分子蒸餾儀頂部添加，并通過轉子上的料液分配器連續均勻地分布在加熱表面上。然后，刮膜器將材料液體刮成非常薄的湍流液體膜，并以螺旋形狀向下推動。在這一過程中，從受熱面逸出的輕分子在內置冷凝器上通過短路徑幾乎無碰撞地冷凝成液體，然后沿冷凝器管向下流動，并通過底部的排放管排放；殘余液體(即重分子)收集在加熱區下方的圓形通道中，然后通過側面的排放管流出。
短程分子蒸餾儀中的水溫會升高，影響真空度。將排水軟管連接到水源，溢流噴嘴用作排水口。適當控制自來水流量，防止水箱水溫上升，穩定真空度。由于蒸發分子比空氣分子重得多，并且大部分具有相同的運動方向，因此它們的碰撞對飛行方向和蒸發速度影響很小。料液通過轉子上的料液分配器連續均勻地分布在加熱表面上，然后刮膜器將料液刮成非常薄的湍流液膜，并以螺旋形狀向下推進。
在這一過程中，從受熱面逸出的輕分子將在內置冷凝器上通過短路徑幾乎無碰撞地冷凝成液體，然后沿冷凝器管向下流動，并通過蒸發器底部的排放管排放；殘余液體(即重分子)收集在加熱區下方的圓形通道中，然后通過側面的排放管流出。
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