分子蒸餾可得到純凈安全的產物，且操作工藝簡單，設備少。分子蒸餾技術能分離常規蒸餾不易分離的物質，分子蒸餾裝置必須保證體系壓力達到的高真空度，對材料密封要求較高，且蒸發面和冷凝面之間的距離要適中，設備加工難度大，造價高。小型分子蒸餾設備的耗能小，由于分子蒸餾整個分離過熱損失少，由于分子蒸餾裝置特殊的結構形式，其內部的壓強極低且內部阻力遠比常規蒸餾小，因而可大大節省能耗。操作方便性高，節省人力操作。
小型分子蒸餾設備的工作流程：
物料從蒸發器的頂部加入，經轉子上的料液分布器將其連續均勻地分布在加熱面上，隨即刮膜器將料液刮成一層極薄、呈湍流狀的液膜，并以螺旋狀向下推進。在此過程中，從加熱面上逸出的輕分子，經過短的路線和幾乎未經碰撞就到內置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通過位于蒸發器底部的出料管排出，殘液即重分子在加熱區下的圓形通道中收集，再通過側面的出料管中流出。
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